早在法国远征舰队刚刚踏入中国时，清廷方面就已经做好了东南沿海的防御工作。尤其是台湾，朝廷一下子便派出了十个红顶军门，均是湘、淮两军的精锐。
可就是这种有将无帅的场面，造成了各部队之问相互不服，一盘散沙。李鸿章担心这种局面难以对抗法夷，若要整军沐马、凝聚人心必要有一百战宿将且威望也足以服众的人挂帅才可以。上哪里去找这样的人呢？这时李鸿章想起了当年淮军五虎上将之一的刘铭传。
刘铭传（1836～1896），安徽合肥人，字省三，因排行第六、脸上有麻点，人称刘六麻子。刘铭传系贫农、地方游勇出身，因协助平定太平天国、“捻乱”而投入湘军、淮军，转而成为地方团练领袖，并开始接触西学及洋务运动新知识分子，思想转倾向改良主义；后又在抗法保台一战中闻名，成为著名的军事将领。
1883年12月，中法战争爆发。次年6月，法军除在陆路节节进逼中国边境，海上则派法国海军中将孤拔率领炮舰20余艘，企图攻占福建和台湾海口，以逼迫清政府在谈判中让步。这时，清廷终于再次起用刘铭传，让他负责台湾防务。1884年6月24日，刘铭传乘西太后和光绪皇帝召见之机，提出了“整顿海防以济当务之急，讲求武备以立自保之基”的建议，并指出建设国防的具体措施：严密防守各商埠及产煤地区，断绝敌舰之源，改建各海口炮台，配备炮队、水雷，裁撤长江、太湖水师，筹办中国海军，以严防守；速派精通业务者到外洋购买新式枪炮，以应战时急需，酌裁无用的募勇、绿营，编练新式军队，对统兵将领实行严格的考核和赏罚制度，设局译刻西洋实用，书籍以备参考。
两天后，刘铭传受命以巡抚衔督办台湾事务。他从铭军部队中抽调陆操教习100人、炮队教习30人，水雷教习4人，并令铭军旧将王贵扬等10余人携带毛瑟后门枪3000杆，配齐子弹渡海赴台。7月14日夜间，他趁着雷雨交加的恶劣天气，乘军舰躲过法国舰队，于16日在基隆港口登岸。
在法军不断增加的军事压力下，刘铭传在台湾的处境日益艰难。但他仍决心孤军抗敌。他判断法军得不到基隆之煤，万难用兵中国，遂决定亲率主力扼守基隆，以孙开华主持沪尾防御。
隶属于湘军的孙开华与刘铭传在攻打捻军时积有旧怨，但眼下大敌当前孙开华也只有只有将个人恩怨先抛在一边，以配合刘铭传共御外辱。刘铭传也很明事理，并不因个人恩怨而给孙开华小鞋穿，相反每当战事他总是身先士卒，铭军也总是冲在第一线；其次是淮军其他主力，比如曹志中等；最后才是湘军弟兄。
刘铭传的大义凛然感动了很多湘军将士，就连孙开华也不得不对他礼敬有加。因此，湘军将士一致向刘铭传反应，台湾抗法不因有门户之别，应一视同仁共御外辱（”更新最快,全.文.字手打）。刘铭传欣然同意了。可以说，只有在刘铭传领导下的湘淮两军才真正是铁板一块，亲密无间。
10月1日晨，法国海军陆战队一个大队在舰炮掩护下，在仙洞山海岸登陆，企图抢占仙洞山顶，安设炮位，配合舰炮掩护步兵沿岸边的山脊绕袭基隆守军侧翼。仙洞山阵地指挥宫毕长和率100余士兵顽强抵抗近2个小时，终于失守。法军从山巅抄袭清军章高元，陈永隆部，并在山顶展开炮队，轰击清军阵地。清军坚守二重桥一带，顶住了法军的攻势。中午，法军另2个陆战大队相继登陆，准备次日继续进攻，这天夜里，刘铭传连续接到沪尾发来的三封告急信，内称：法舰直犯沪尾口门，发炮如雨，新筑炮台全被击毁（；形势十分危急。刘铭传考虑到基隆法军舰炮火力占绝对优势，且该地距府城较远，而沪尾距府城仅30里，遂决定放弃基隆，援助沪尾，固守台北，确保全台大局。
刘铭传的这一决策，遭到清廷、清军将士和社会各界的反对。但他力排众议，不改初衷，派人焚毁塞隆煤矿，仅留300人守狮球岭高地，自率主力连夜往援沪尾。
10月2日，法军轻取基隆，因兵力不足，未敢进据基隆港东岸煤矿。刘铭传后来发现沪尾形势尚未明显恶化，即以章高元部增援沪尾，曹志忠部仍折回基隆，在水返脚一带扼守，阻止法军继续南下。此时的沪尾战场，由于得到4个营增援，实力大增，守将孙开华决心在北岸浅近纵深内利用丛林和高地设伏，待机歼敌。
10月8日上午9时，先后调集到沪尾海口的8艘法舰的舰炮向北岸海滩及守军营地猛烈轰击，掩护陆战队登陆。按照计划，法军应避开丛林，经红炮台山坡绕到白炮台东侧，夺取水雷点火站。但由于法军在滩头没有遇到任何抵抗，便宜扑白炮台。孙开华待敌军接近丛林、立即率两营从正面拦击，并下令埋伏于红炮台山后的章高元部和刘朝枯部从右翼出击。法军以密集火力阻止清军冲锋。章高元等裸身衔刀，大呼突入敌阵，法军退入小山进行抵抗，又突然遭到埋伏在草丛中的台湾“土勇”的攻击，法军惊溃，纷纷向海边逃窜。此战，法军被歼100余人，被俘10余人。此后，法军司令孤拔转而采取海上封锁的手段，围困台湾军民。
从11月7日起，法国侵略军向暖暖、鸟脚峰、石梯岭等地发起进攻，企图将清军逐出基隆河上游北岸的三角地带，扩大前哨阵地。为此，台北清军与当地土勇与法国侵略军展开了长达4个月之久的拉锯战。为了在基隆山地消耗法军有生力量，刘铭传短衣草履亲临前线，深入士卒间吊死问疾，同饮共食，激励士气，一次次打退了法军的进攻。
但是，清军内部在作战方略上的分歧也越来越大。焦点集中在是否“不惜一切牺牲收复基隆，”这个问题上。一方面是清朝廷严旨催促，“务须克复基隆”。另一方面，一部分驻台将领也受人鼓励，擅自用兵。早在11月2日，曹志忠不经刘铭传同意，趁夜领兵仰攻狮球岭九芎坑法军营垒，结果伤亡40余人，被迫撤退。刘铭传认为收复基隆，必须冒险仰攻，易损精锐，所以坚令曹志忠稳扎五堵营卡，切忌图功轻进。
1885年3月1日，湘军王诗正部抵达台北，淮军聂士成部850人也在后山登陆。援兵的到来，给主张收复基隆的将领官员们增添了信心。4月3日，王诗正擅率大队人马远离阵地寻求决战，企图一举克复失地。但这时法军作战部队已增至3000余人。他们以杜塞斯雷率法军新锐力量1000余人，配属重炮从八斗登陆，突袭月眉山清军阵地。而守军在月眉山、深塽坑17里宽的防御正面上，仅有1400余人分守要卡。前线指挥官曹志忠一面集中700人坚守戏台山，一面飞书向刘铭传告急。5日晨，法军2000人由枕头山、竹蒿山、龙潭堵三路进逼月眉山，清军伤亡甚众。月眉山顶阵地失守，余部退往基隆河南岸。
夜里，刘铭传急率聂土成部400余人驰赴六堵，扼守台北大道，才使战局稳定下来。16日，法军派工兵数百人架桥开道，试图向河南发展，遭到清军阻击。此后战事遂成胶着状态。
1884年10月法军在淡水失败(参见淡水之战)后，为孤立台湾守军，于23日宣布封锁台湾海峡，企图阻断南北海运及闽台联系。福建军民采用夜雾偷渡等办法运送物资援台，但杯水车薪，缓不济急。
看到台海地区的现状，镇东南的闽浙总督左宗棠是看在眼里，急在心里。他说：“如果张偑伦给我左某人留下一条船，我也要杀到台湾去。我就不明白自光绪元年起朝廷拨给南、北洋水师的四百万两银子都干什么吃了？怎么事到临头不见他们一条船来？”他吩咐幕僚说：“马上具折上报北京，就说让南洋、北洋一同派船前来台湾解围。”为打破封锁，清廷令南洋水师派舰援台。次年1月18日，由提督衔总兵吴安康率领的5艘援台舰只自上海启航南行。法远东舰队司令孤拔闻讯，亲率7舰北上拦截。2月13日，双方舰队相遇于浙江石浦檀头山海域，吴安康见敌即率队逃跑，两艘航速较低的战舰被迫驶入石浦港隐蔽，后被法舰击沉。之后，孤拔得悉另3艘军舰泊于镇海口内，即率队进犯镇海。镇海位于甬江入海处，系浙东之门户、宁波之咽喉。自法舰侵扰东南沿海以来，浙江提督欧阳利见等日夜督兵备战，构筑了较为完备的海岸防御工事。28日夜，4艘法舰侵入镇海海面，清军立即沉船堵口，南北两岸炮台和泊港舰只均严阵以待。3月1日下午，炮台守军击退法舰的连续进攻并伤其一舰。此后，法军采取各种战术手段继续进攻，均遭失败。孤拔本人亦受伤，不得不停止进攻。点评：此战，由于守军预有准备，水陆防守严密，终于取进攻，均遭失败。孤拔本人亦受伤，不得不停止进攻。点评：此战，由于守军预有准备，水陆防守严密，终于取得了继淡水大败法军之后的又一次重大胜利。
3月底，法军攻占澎湖。孤拔于6月11日死于澎湖妈宫（现为澎湖县马公市）。自此，中法在台湾及东南沿海的博弈已陷入对峙状态，法军优势全无，已无胜利的希望。
北洋的李鸿章为了为自己的心腹爱将解围，特地调用新式轻型巡洋舰“超勇舰”和“扬威舰“六夜言情”更新最快,全”会同南洋五舰火速就援台湾。不想北洋两舰刚到上海便收到天津来的电报：朝鲜有事，火速返航。这又是怎么回事呢？
